부동산을 양도하는 경우 보유기간이 2년 이상이냐 2년 미만이냐에 따라서도 양도소득세 부담액이 크게 달라진다.

왜냐하면 보유기간이 2년 이상이면 양도소득의 크기에 따라 9%에서 36%까지의 세율이 적용되지만, 보유기간이 2년 미만이면 무조건 40%의 세율이 적용되며, 특히 보유기간이 1년 미만이면 50%로 높은 세율이 적용되기 때문이다.

예를 들어 3,000만원의 양도차익을 남긴 부동산에 대해 양도소득세를 예정신고·납부하기 위해 내야할 세금을 계산하는 데 있어, 보유기간이 2년 1개월(2년 이상)일 경우 18%의 세율이 적용되어 3,645천원 정도만 내면 되지만, 1년 9개월(2년 미만)일 경우 40%의 세율이 적용되어 9,900천원을 내야하고, 9개월(1년 미만)일 경우 50%의 세율이 적용되어 12,375천원의 세금을 내야 한다.

양도시기는 잔금청산일로 하되 잔금청산일이 불분명하거나 잔금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 하는 경우에는 소유권이전등기일을 양도일로 보므로, 잔금청산약정일 기준으로 보유기간이 2년 또는 1년 미만인 경우에는 실지 잔금청산일을 2년 또는 1년이 지난후로 하고 등기 또한 2년 또는 1년이 지난 후에 이전해 주면 된다.

실무적으로는 기준시가로 양도소득세를 계산하는 경우에는 잔금청산일을 확인하기가 어려우므로 등기부등본을 보고 1~2년 이상 보유 여부를 판단하고 있다.

또한 보유기간이 1년 미만이면 실지거래가액으로 계산하여 양도소득세를 내야 하는데, 실지거래가액으로 계산하면 기준시가로 계산하는 것보다 세금부담이 큰 것이 보통이다.

따라서 부동산을 취득한 후 부득이 1~2년 이내에 양도해야 하는 경우에도 보유기간이 1년 또는 2년이 지나도록 양도시기를 조절하면 세금을 크게 절약할 수 있다.